Wprowadzenie do modelowania układu nerwowego, 14-15 maja 2009

Warsztaty PTBUN, 14-15 maja 2009:
Wprowadzenie do modelowania układu nerwowego

W ostatnich latach obserwujemy na świecie wzrost zainteresowania modelowaniem układu nerwowego na róż­nych poziomach. Sprawił to po pierwsze wzrost mocy obliczeniowej komputerów biurowych, dzięki któremu wiele pożytecznych symulacji można wykonać na sprzęcie łatwo dostępnym dla każdego badacza. Po drugie, co­raz więcej neurobiologów zdaje sobie sprawę, że aby zrozumieć funkcjonowanie układu nerwowego, rejestracja coraz większej ilości danych nie wystarczy: potrzebne są ilościowe modele badanych układów, które zwykle naj­wygodniej jest przedstawić i badać w postaci modeli komputerowych. Wreszcie, łatwo dostępne i proste w uży­ciu modele różnych struktur nerwowych stanowią świetne pomoce dydaktyczne w nauczaniu neurobiologii.

Ponieważ w Polsce wykorzystanie symulacji w neurobiologii nie jest popularne, proponujemy dwudniowe warsztaty praktyczne z modelowania układu nerwowego. Warsztaty będą przygotowane z myślą głównie o dok­torantach neurobiologii, ale mogą zainteresować także badaczy innych specjalności (matematyka, fizyka, infor­matyka) zainteresowanych modelowaniem układu nerwowego.

Główne cele warsztatów to wprowadzenie podstawowych pojęć i technik używanych w neurobiologii obliczeniowej oraz nauka praktycznego posługiwania się pakietem NEURON:
     http://www.neuron.yale.edu/neuron/
obecnie najpopularniejszego narzędzia do modelowania układu nerwowego w różnych skalach.

Program

• Modelowanie rzeczywistości: od układu, przez model pojęciowy do implementacji
• Instalacja i uruchamianie programu NEURON
• Wprowadzenie teoretyczne do modeli przedziałowych komórek nerwowych
• Budowa prostych modeli neuronu i sieci przy użyciu narzędzi graficznych Neurona
• Podstawy programowania w NEURONie i łączenie programowania z wykorzystaniem narzędzi graficznych
• Wykorzystanie internetowych baz danych modeli w Neuronie do budowy własnych symulacji z wykorzystaniem udostępnionego kodu
• Wybrane narzędzia i materiały dostępne w Internecie przydatne w dalszej nauce modelowania i w pracy badawczej

Warsztaty rozpoczną się w czwartek 14 maja o godz. 12, żeby uczestnicy spoza Warszawy mogli dojechać w tym samym dniu. Zakończenie warsztatów w piątek ok. godz. 18. Ze względu na krótki czas trwania warszta­tów będziemy się skupiali na stronie pojęciowej, podstawach programowania i wykorzystania narzędzi graficz­nych NEURONa, oraz na pokazaniu możliwości dalszego rozwoju.

Liczba uczestników jest ograniczona do 20 osób, żebyśmy mogli wszystkim zapewnić sprawne wsparcie pod­czas zajęć. Warsztaty będą odbywały się w Instytucie Biologii Doświadczalnej PAN im. M. Nenckiego w War­szawie, ul. Pasteura 3. Organizatorzy nie zapewniają sprzętu komputerowego, dlatego każdy uczestnik musi przyjść z własnym laptopem z systemem Windows lub Linux. Każdy uczestnik otrzyma materiały dydaktyczne oraz płytę z wersjami instalacyjnymi pakietu NEURON na oba systemy operacyjne i pomoc przy instalacji.

Opłata rejestracyjna 150 zł. pokrywa koszt posiłków oraz materiałów dydaktycznych. Organizatorzy zapewnią uczestnikom obiady w czwartek i pią­tek, kolację w czwartek, oraz napoje i ciastka w trakcie przerw. Opłata nie pokrywa kosztu noclegów, ale organi­zatorzy mogą pomóc w rezerwacji noclegów osobom spoza Warszawy.

Zgłoszenia były przyjmowane do 14 kwietnia. 

2009.05.07: Ze względu na rezygnację kilku osób w ostatniej chwili mamy kilka wolnych miejsc na kursie. Osoby zainteresowane proszę o jak najszybszy kontakt.

Program warsztatów.

Pytania proszę kierować do prowadzących.

Prowadzący:
       dr hab. Daniel Wójcik, IBD PAN , http://www.neuroinf.pl/Members/danek/
       dr Szymon Łęski, IBD PAN http://www.neuroinf.pl/Members/szleski/